本人长期从事牙周病病因、防治以及牙周病与全身疾病的关系的研究。先后主持国家自然科学基金项目6项，及多项部省级科研项目，参加国家“十五”、“十一五”科技攻关项目。先后承担了多个层次、多个年级的《牙周病学》《口腔医学导论》《口腔医学专业英语》等专业课程的讲授。发表学术论文220余篇，其中SCI收录60余篇。指导博士研究生40余名，硕士研究生80余名。本人曾任中华口腔医学会牙周病学专业委员会副主任委员、四川省医学会口腔医学专业委员会副主任委员、四川省口腔医学会副主任委员，华西口腔医院口腔内科教研室主任（1994年～2000年）、华西医科大学科研处副处长（2000年 ），四川大学华西口腔医（学）院党委书记（ 2001年～2010年），华西口腔医（学）院第三届教授委员会主任。现任四川省口腔医学会牙周病学专业委员会主任委员，中华口腔医学会牙周病学专业委员会常委，ICD（国际牙医师学院）院士，国家执业医师考试出题组专家。担任《中华口腔医学》《华西口腔医学杂志》等多本口腔医学杂志的编委。主编全国研究生规范化教材《牙周病学》第2版，共同主编《牙周科诊疗与操作常规》，参编全国规范化教材《牙周病学》第2，3，4，5版及相关口腔医学参考书籍20余部。曾被评为1998-1999年度“三育人”标兵、获得2014年华夏医学科技奖二等奖、2022年四川省科技厅科学技术进步二等奖。代表性论著：1. 吴亚菲.《牙周病学》第2版，人民卫生出版社，2019. (主编）2. 吴亚菲. 牙周科诊疗与操作常规， 人民卫生出版社， 2018.（主编）3. Wu L， Shi R， Bai H， Wang X， Wei J， Liu C*， Wu YF*. Porphyromonas gingivalis Induces Increases in Branched-Chain Amino Acid Levels and Exacerbates Liver Injury Through livh/livk. Front Cell Infect Mi，2022， 12:776996.4. Qian L， Shujuan G， Yanli H， Xiuqun Wei， Li L， Fangjun H， Ping H， Yafei W*， Weidong T*. Inhibition of TRPA1 ameliorates periodontitis by reducing periodontal ligament cells oxidative stress and apoptosis via PERK/eIF2α/ATF-4/CHOP signal pathway. Oxidative Medicine and Cellular Longevity， 2022:4107915.5.Renjie Zou， Lei Zhao， Daonan Shen* and Yafei Wu*.TrkA serves as a virulencemodulator in Porphyromonas gingivalis by maintaining heme acquisition and pathogenesis-21， Frontiers in Cellular and Infection Microbiology， 2022，12:1012316.